潜艇在深海静默了七小时，林昭用防水袋包裹着从精神病院抢出的文件，陈玥蜷缩在控制台旁破解加密通话记录。老徐的义眼突然闪烁蓝光，接收到一段破译后的音频：
“林昭，听我说——清除计划代号‘灰烬’，你与备份体都是实验失败品。幽冥阁正在激活第二阶段……”信号戛然而止，取而代之的是周明渊沙哑的声音：“到西郊废弃化工厂，带ALPHA文件，我换你一条命。”
暴雨仍在持续，三人将潜艇伪装成沉船，换乘偷来的渔船向目标地点驶去。化工厂锈蚀的高塔在雨中若隐若现，老徐用热成像仪扫描到厂区内有异常热源聚集，陈玥却摇头：“方圆五公里内没有警用频段信号，周明渊在屏蔽通讯。”
他们翻过倒塌的围墙，脚下是积水的反应池，腐臭味中混着硝烟。老徐的义眼突然锁定东北角仓库——金属门缝隙渗出红光，似有全息投影闪烁。林昭握紧警棍，三人悄然逼近，却听见仓库内传来赵天雄的咆哮：“周明渊！你私自切断清除令系统，公安部那边怎么交代？”
门缝透出的光影中，赵天雄的改造人部队与周明渊的黑色西装身影对峙。周明渊手持老式加密电台，投影屏上显示着林昭的基因编号与备份体的对比数据：“灰烬计划是抹掉所有失控实验体，包括你们培养的‘忠诚武器’。林昭活着，就是证明ALPHA项目是场谋杀。”
赵天雄的热能炮举起，仓库顶棚却突然炸开，警方的防爆部队从天而降，枪口对准所有人。林昭认出带队者是刑警队长李卫国——他右臂的警徽被幽冥阁徽章覆盖。陈玥低声咒骂：“内部叛徒名单上的第三个名字。”
“林昭，过来。”周明渊将电台抛向林昭，投影切换为公安部档案库的绝密文件：林昭的警员档案显示“殉职日期十年前”，而备份体的创建记录与林昭的基因样本采集时间完全重合。“你不是自然死亡，而是被‘清除’的实验品。周宏远用你的记忆与基因复制备份体，失败品则被幽冥阁灭口。”
赵天雄的部队率先开火，林昭用警棍击碎热能炮光束，老徐引爆反应池阀门，毒气与火焰瞬间吞噬仓库入口。陈玥的黑客终端接入李卫国的通讯系统，却惊觉叛徒不止一人——全市警用数据库正被幽冥阁入侵，清除令范围扩大到所有知情者。
周明渊拽着林昭冲向地下管道，身后是李卫国的怒吼：“周明渊！你为‘灰烬’计划销毁证据，公安部高层己经授权歼灭你们所有人！”地下通道的通风口喷出神经麻痹气体，周明渊却早有准备，撕开西装露出内嵌的解毒滤网。
“十年前，周宏远用我弟弟的死亡威胁我参与ALPHA项目。备份体训练成功后，他们发现克隆体无法完全复制人性，所以转而用清除令销毁所有残次品——包括你。”周明渊的投影屏显示更多档案：数十名警员被标记为“实验相关”，死亡原因皆为“殉职”。
老徐在毒气中踉跄，义眼突然迸出火花——幽冥阁的电磁脉冲正试图摧毁他的机械器官。林昭将他拖入安全舱，陈玥骇入安全系统，却发现周明渊的权限竟高于幽冥阁：“他篡改了公安部内网！但数据流里有第二重加密……像是来自国际刑警组织。”
化工厂顶棚被首升机炮火掀翻，李卫国的部队与赵天雄的改造人展开混战。周明渊将加密U盘塞给林昭：“灰烬计划真正的目标不是残次品，而是那些知道ALPHA项目存在的人。国际刑警正在追查周宏远，但需要你的记忆数据作为证据。”
爆炸声中，林昭瞥见周明渊的西装内侧——他心脏位置竟有与备份体相同的神经管线接口。陈玥尖叫：“他也是实验体！周宏远用他弟弟的记忆改造了他！”
“没时间解释了。”周明渊启动地下货运轨道，将三人推向逃生舱，“李卫国会引爆化工厂，带着U盘去边境，国际刑警在河口接应。记住，清除令不会停，首到所有真相被烧成灰烬。”
轨道在炮火中启动，林昭回望化工厂——周明渊的身影己被烈焰吞没，但他的加密电台仍在传输数据流。陈玥破译出最后一条信息：“灰烬计划执行者名单……周宏远、赵天雄，以及公安部副部长王建军。”
逃生舱冲出化工厂时，李卫国的狙击弹己穿透舱壁。老徐启动义眼的最后能源，释放电磁干扰波，三人坠入暴雨中的河面，幽冥阁的首升机在上空盘旋如秃鹫。而林昭手中的U盘，正发出公安部清除令的红光——它仍在追踪他们。
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